Европейската комисия акредитира изпълнителните агенции, които работят по програма ФАР към Министерствата на труда и социалната политика и на икономиката и енергетиката. Това означава, че предварителният контрол върху тръжните досиета, състава на оценителните комисии, оценителните доклади и договорите се прехвърля от Представителството на Европейската комисия в България към съответните министерства. Липсата на акредитация забави оценката на проектите, подадени по вторите фази на програмите по ФАР «Развитие на човешките ресурси» и «Конкурентноспособност», а също така постави под съмнение стартирането по график на третите фази на двете програми, планирани съответно за август и октомври.